Nastal konec světa. Nebeská brána je zavřená a biblická potopa tentokrát postihla peklo. V nejhlubší části podsvětí je Lucifer zmrazen ve spánku a z archandělů přežil pouze Michael. Svůj život ale obětoval, aby daroval lidem, andělům i démonům naději. Stvořil Očistec zvaný Tokyo Babel. V něm jsou shromažďováni přeživší lidé. Alespoň jeden z nich musí projít všech sedm poschodí Tokya Babel a otevřením nebeské brány spasit veškerou existenci.

Vyvoleným démonů se stává člověk Tendou Setsuna zachráněný z jednoho z mnoha zničených světů. Společně s Lilith, Adamovou první ženou, andělem Razielem a mladou ženou Sorami se vydává na cestu skrz Očistec. V cestě jim stojí, mimo jiné, i vyvolený andělů, stvořený k obrazu prvního člověka Adama.

Hra je vizuální novelou nabízející tři zcela odlišné cesty soustředíc se na každou z hrdinek. Avšak cestu Lilith je nutné nejprve odemknout dokončením prvních dvou.