Čaroděj Yuga pro sebe chce získat moc temné entity Ganona, získat artefakt Triforce a s ním ovládnout království Hyrule. V rámci svého plánu proměnil princeznu Zeldu a šest dalších příbuzných starodávných mudrců v obrazy a utekl s nimi do zničeného království Lorule, kterému vládne princezna Hilda. Tam ho pronásleduje kovářův syn Link, kde s pomocí Hildy a tajemného kupce Ravia Yugu na nějakou dobu Yugu zastaví. Aby ho ale mohl porazit, musí nejdřív osvobodit všechny příbuzné sedmi mudrců.

Sedmnáctý díl série The Legend of Zelda je zčásti pokračováním a zčásti remakem dílu třetího, A Link to the Past. Z něho si bere kostru příběhu a částečně i rozložení světa, ve kterém se odehrává. Zásadní novinkou týkající se gameplaye je ovšem možnost proměnit se v malbu na zdi, čímž se přepne kamera do pohledu z boku a dostat se tak na normálně nedostupná místa. Poprvé v sérii je také možné projít dungeony v libovolném pořadí, jelikož klíčové předměty se dají bez omezení půjčovat, kupovat a upgradovat u kupce Ravia.