Ve hře The Deep se hráč chopí ovládání lodi, se kterou se musí bránit proti různým nepřátelům. Ohrožují ho jak další lodě na vodní hladině, tak i podmořští živočichové, jako jsou medúzy nebo chobotnice. Krom nich jsou ve vodě i ponorky, které vypouštějí na vodní hladinu námořní miny či rakety. Loď hráče je viděna z boku a všem těmto střelám se může vyhnout pohybem doleva či doprava.

Naštěstí hráč není tak úplně sám, neboť čas od času mu helikoptéra shodí něco užitečného, jako je bonus k rychlosti, bomby nebo řízené střely. Navíc se loď může na chvíli přeměnit v ponorku a hráč si tak může vyzvednout zásoby či bonusy čekající na dně moře.