The Captain je pixelartová adventura zasazená do vzdálené budoucnosti, která se nechala inspirovat klasickými space operami v čele se Star Trekem. Lidstvu se podařilo objevením warp pohonu dobýt vesmír a spolu s dalšími mimozemšťany založit mírumilovnou mezihvězdnou flotilu. K Zemi se však blíží nepřátelské lodě vezoucí zbraň schopnou zničit Slunce a tím i život na naší planetě. Vžijete se do role kapitána Thomase Welmu, ztraceného na opačné straně galaxie. Jelikož u sebe máte zařízení schopné zhatit nepřátelské úmysly, vaše mise spočívá v návratu do Sluneční soustavy dříve, než se nepřátelské flotile podaří uskutečnit svůj plán.

Jedná se v jádru o klasickou point-and-click adventuru doplněnou o drobné RPG prvky a souboje s nepřátelskými plavidly. Důležitým prvkem hry jsou vaše volby, jelikož při cestě zpátky do Sluneční soustavy je nutno udělat mnoho zastávek a rozhodnout se jak pokračovat. Je možné navštěvovat cizí planety, pomáhat místním obyvatelům, získávat potřebné vybavení lodě a nacházet nové přátele i nepřátele. Hráč si může zvolit cestu diplomata-pacifisty a vyhnout se potyčkám s nepřáteli, nebo své zdroje investovat do vyzbrojení své lodě a vesmírem se prostřílet. Někdy je třeba dělat ústupky a obětovat někoho blízkého pro větší dobro, jelikož každého se vám zachránit nepodaří. Vaše kapitánské rozhodnutí tak může mít dopad na osudy obyvatel vzdálených galaxií i naší Sluneční soustavy.