Před dávnými časy se v jedné nejmenované hvězdokupě odehrál dlouhotrvající válečný konflikt, který se postupně rozprostřel na všechny obydlené planety. Po stovce let z obyvatelných planet zbyly jen kousíčky a aby nedošlo k úplnému vyhlazení všeho živého, rozhodli se přeživší zakopat válečnou sekeru a zbytky svých domovů sešít dohromady v jednu velkou planetu, kde by všichni žili v míru, odděleni přesně určenými hranicemi. To fungovalo do doby, než někdo tyto přísná pravidla porušil.

Spirit Roots je tradiční lineární 2D plošinovka, ve níž na hráče čeká přes 50 úrovní rozprostřených do pěti odlišných prostředí. V úrovních je třeba skrz různé překážky doskákat do cíle a sbírat duše, jež jsou buď volně rozprostřeny napříč levelem nebo schované v ukrytých truhlách. Dle počtu získaných duší pak hráč získává po absolvováni úrovně hvězdné ohodnocení. Každá oblast taky obsahuje své unikátní nepřátele, s nimiž lze bojovat klasickým mečem na blízko a blasterem na dálku, přičemž nesmí chybět ani tuzí závěreční bossové na konci každé kapitoly.