Silva Saga II jde sequelem ke hře Minelvaton Saga: Ragon no Fukkatsu a odehrává se desítky let po porážce draka Ragona, antagonisty z prvního dílu. Hráč se ocitá v roli hrdiny, který trpí ztrátou paměti a který cestuje zemí Minelvaton, aby našel člověka, který Ragona porazil, a aby našel a utkal se se Zoldem, bratrem Ragona.

Souboje se od prvního dílu změnily a již nejsou akční, ale tahové. Navíc si lze vybrat, jestli hráč bude bojovat s partou složenou ze společníků, kteří ho doprovázejí v rámci příběhu, nebo s partou najatých žoldáků a jednotek, které umějí kouzlit (ve hře jako idols či statues). Druhá skupina bojovníků je ovšem ovládaná počítačem a jedná tak sama.