Duchovní nástupce a pokračovatel logické Atomix. Shuffle pracuje s totožnými ingrediencemi jako jeho předchůdce, jde zde o vytváření molekul a sloučenin z dostupných atomů v herním poli, které tvoří jakési bludiště. Jednotlivé atomy lze rozpohybovat z některém ze čtyř směrů a částice se zastaví teprve v okamžiku, kdy se jí do cesty postaví stěna bludiště nebo jiná překážka.

Novinkou jsou zde různé power-upy, které prodlužují čas pro dohrání úrovně, nasypou hráči extra bodový příděl anebo jej dokonce posunou rovnou do dalšího levelu. Hra obsahuje třicítku úrovní a pětici bonusových kol. Pokud by se to někomu zdálo málo, je možné rozehrát dalších třicet pokročilých úrovní. Přítomen je i mód pro dva hráče, v němž se oba střídají po deseti sekundách. Vyhrává však ten, kterému se podaří definitivně dokončit celou sestavu molekuly.