Zlý padouch Stín byl sice v prvním díle dopaden, nicméně podařilo se mu uniknout a je jen na Shamusovi, aby se dostal přes jeho nové doupě a znovu jej dopadl.

Dvojka je oproti jeho předchůdci vidět z boku nikoliv z vrchu. A taky se hra částečně změnila na plošinovku. Shamus tak často leze po žebřících a přeskakuje bodáky nebo některé z nepřátel. Současně dochází i na minihry, kde je Shamus v dolní části obrazovky, zatímco nahoře je obrovské množství nepřátel, které musí všechny postřílet. V bludišti chodeb jsou pak rozmístěny různé poklady a také důležité klíče, které mohou otevřít dveře k dalšímu postupu v doupěti.