Tři roky před událostmi, jež se odehrály v Ninja Gaiden a ještě předtím, než povstal Král ďáblů Jacquio, chopil se moci císař Garuda a silou převzal kontrolu nad New Yorkem. Mladý ninja Ryu Hayabusa s katanou za opaskem vychází do ulic, aby zastavil diktátora s jeho nohsledy a vrátil město jeho lidem. Ve snaze zvrátit situaci, do cesty se mu staví kyborg Spider i šampion v kickboxu Gregory. Když Ryu odstraní i plukovníka Allena a jeho nejlepší bojovníky, stane tváří v tvář samotnému Garudovi...

V prequelu prvního dílu akční trilogie Ninja Gaiden pro handheldy Game Boy se ujmete ovládání neohroženého bojovníka vyzbrojeného ostrou čepelí, hákem pro zdolávání vysokých překážek a magickým útokem ohnivého kola způsobujícího nepřátelům devastující poškození. Hra je proti svým předchůdcům jednodušší v hratelnosti s absencí power-upů. Utržená poškození ze strany protivníků můžete dobít použitím v kontejnerech nalezených healů. Hra se skládá z pěti levelů rozdělených do menších částí v sekvencích s horizontálním scrollingem.