Chronologicky třetí díl série Shadow Hearts nemá na své předchůdce žádnou příběhovou návaznost, ač se odehrává ve stejném univerzu. Začíná v roce 1929 v New Yorku, kde má svou soukromou detektivní kancelář Johny Garland. Jeho nejnovějším klientem se stane americká indiánka Shania, která vyšetřuje záhadná rudá světla korumpující lidi.

Souboje jsou znovu řízeny Judgment Ringem převzatým, v takřka nezměněné podobě, z druhého dílu. Novinkou je Stock systém. S jeho pomocí může hráč naplnit speciální ukazatel a využít ho k provádění unikátních společných útoků.