Moon Mikono hledá svou matku, která zmizela v hlubinách vesmíru. Pátrání ji zavede na planetu Terra 6, která kdysi hostila pokročilý vědecký komplex vlastněný firmou Foray, pro níž matka pracovala. Během příletu na základnu ale zasáhne loď elektromagnetický impulz, následkem čehož Moon havaruje. Probouzí se až po letech v zcela změněném a nehostinném prostředí, v němž se vyskytují podivně se chovající roboti a mimozemské organismy, které komplex skoro celý opanovaly. Hrdinka vyráží prozkoumat základnu a zjistit pravdu o své matce, která tam stále někde je.

Rebel Transmute je pixel-artová plošinovka, jež se svým sci-fi zasazením a stylizací nechala silně inspirovat staršími díly série Metroid, obsahuje ale i mnohé prvky z novějších metroidvanií jako Hollow Knight. Hlavní puška má omezený dostřel, čímž jsou souboje více kontaktní, postava se může i během bojů léčit sparkblood injekcí, která se postupně doplňuje zbytky ze zabitých nepřátel a nechybí ani mechaniky jako corpse run nebo pogo-jump. Mapa představuje spleť tunelů a místností, která se nelineárně odemyká s postupně získanými dovednostmi. Moon získává pasivní vylepšení v podobě několika desítek různorodých augmentů, jež jí pomohou při překonávání různých překážek, platformingu a v bojích s agresivní havětí i tuhými bossy.