Per Aspera je hra simulující planetární teraformaci Marsu. Hlavní náplní hry je tvorba logistických řetězců, tedy těžba mnoha druhů surovin a zdrojů, jejich převoz do továren a následně do místa spotřeby. Lze tak vytvořit rozsáhlou strukturu, která se může rozkládat i po celé planetě, a jejíž konečný účel je změnit Mars na obyvatelnou planetu plnou zeleně a oceánů.

Cesta k cíli je ale náročná, Mars je v prvopočátku nehostinná pustina, která hráče nešetří padajícími meteority a písečnými bouřemi, není to však jediná hrozba - planeta je osídlena také neznámými a tajemnými nepřáteli, kteří se snaží ze všech sil vaší expanzi zabránit.

Hra obsahuje kampaň s bohatým namluveným příběhem, v němž se vžijete do role AMI - umělé inteligence stvořené za účelem kontroly teraformace Marsu. V průběhu kampaně je nutné činit mnohá rozhodnutí a následně čelit jejich následkům, které mohou ovlivnit osud celé planety.