Bezpečnost a pořádek ve vesmíru jsou hlídány několika rasami, mezi které patří i rasa zvaná Tiziani. Ti jsou známí tím, že dokážou ovládat svatou energii, která se pak manifestuje jako koule nazývaná Bon-Bon vznášející se nad hlavami Tizianů. Hráč je jedním z nich a jeho postava zrovna tráví dovolenou společně se svojí rodinou na planetě Landroll. Tedy chtěli by tam trávit dovolenou, ale bohužel se stane na jejich vesmírné lodi nehoda a dojde k jejímu pádu na planetu. Protagonista hry je od své rodiny separován, jelikož jeho rodiče leží v nemocnici, a tak se rozhodne, že aspoň najde své sourozence, kteří se vyskytují neznámo kde.

Opoona je jRPG se simulací každodenního života, které se nebere příliš vážně, protože hlavní postava brzy zjišťuje, že najít své sourozence nebude lehké. Obyvatelé Landrollu totiž milují byrokracii, a tak hráč, aby se k něčemu vůbec dostal, musí oběhnout úřady a získat potřebná lejstra. Pokud se mu to podaří, tak musí pro daná města a kolonie vykonat nějakou práci, aby postoupil dál. Může se stát farmářem, rybářem, být hudebníkem na ukulele nebo třeba detektivem či předpovídat budoucnost.

Hra má i svoji bojovou část a soubojový systém se nazývá Active Bon-Bon Battle. Z názvu nepřekvapí, že jsou boje inspirované sérií Final Fantasy, a tak zatímco hráč vybírá příkaz, který své postavě dá, tak čas plyne dál a může dříve jednat i nepřítel. Hráč útočí tak, že nabíjí stiskem tlačítka energii a buď může být útok slabší, ale hráč přijde na řadu dříve, nebo může udělat silný útok s tím, že se jeho kolo posune. Postava může útoky nepřátel i odrážet.