V Ninja Scooter Simulator hráč ovládá koloběžku, se kterou projíždí ulicemi plné překážek a se kterou musí dojet do cíle v časovém limitu. Krom překážek, které je třeba přeskočit nebo se jim vyhnout, hráč naráží i na rampy nebo terén zpomalující či naopak zrychlující jezdce. Zbylý čas, který hráči zůstane, se připočítává jako bonusové body ke konečnému skóre.

Tratí je ve hře celkem šestnáct s postupně se zvyšující obtížností. Hru je možné hrát i ve dvou hráčích, kdy se střídají u ovládání a soupeří proti sobě o lepší skóre.