NanoApostle je akční sci-fi hra z top-down pohledu, která se odehrává uvnitř přísně střeženého výzkumného zařízení, kde se testují prototypy autonomních zbraní. V zařízení se zrodí i křehká dívka Anita, jež má na zádech připevněnou nanomechanickou entitu zvanou Apostle. Dívka je nucena bojovat s řadou mechanických nepřátel doufajíc, že vítězstvím nad nimi získá vytouženou svobodu.

Titul patří do skupiny tzv. boss rush her, kdy místo řádových nepřátel hráči bojují výhradně s unikátními bossy v uzavřených arénách. Dívka díky symbióze s entitou dokáže útočit nablízko i na dálku, uskakovat před údery nebo je vykrývat pomocí parírování. Zároveň se během bojů snaží odkrýt slabé místo svého protivníka a udeřit na něj devastující silou. Postupem v ději, absolvováním tréninkových výzev a plněním podmínek Anita získává moduly, které propůjčují další bonusy a výhody pro vícefázové boje.