V side-scrolling plošinovce MO: Astray se hráč ujme namodralé hroudy slizu zvané MO, probouzející se v ruinách opuštěné podzemní laboratoře. Hlubinný komplex se stal po nedávné katastrofě nebezpečným místem, z něhož je třeba dostat se ven a eventuálně posbírat střípky informací o tom, co se v laboratořích vlastně stalo. Cesta za svobodou však vede skrz nespočet smrtících pastí a organismů, usilujících malému hrdinovi o život.

K tomu, aby MO překonal všechny nástrahy, které mu hra postaví do cesty, bude zapotřebí různých dovedností, které během putování získává. Zpočátku se umí na omezenou dobu přichytit na vodorovné i svislé povrchy nebo se vystřelit do vzduchu, časem se ale naučí dvojité skoky, vznášet se ve vzduchu, klonovat se a udělat si tak kopie nebo se přisát na hlavy humanoidních nepřátel a tím je ovládat. Stejně jak se mění prostředí hry se mění i různé situace a hádanky, na které je nutné použít ty správné schopnosti a u kterých je třeba přijít na způsob, jak tyto výzvy překonat, přičemž hra klade nároky i na hráčovy reflexy a schopnost správně načasovat jednotlivé úkony.