Samus Aran je společně se skupinou dalších nájemných lovců vyslána vyčistit síť organických superpočítačů zvaných Aurora Unit od viru bránícím ji v chodu, ale jsou přepadeni vesmírnými piráty vedenými klonem Dark Samus, která ostatní lovce i Samus infikuje látkou Phazon. Galaktická federace její oblek vybaví zařízením zvaným Phazon Enhancement Device, které jí dovoluje čerpat ze síly Phazonu a poté je vyslána na planetu Bryyo, aby zjistila, co se stalo s unesenými lovci. Bohužel pro Samus, ostatní lovce a zbytek galaxie není Phazon pro své uživatele tak bezpečný, jak Galaktická federace tvrdí.

Corruption je zakončením první Metroid Prime trilogie. Hlavní změna v hratelnosti je dána přesunem na konzoli Nintendo Wii a je jí pohybové ovládání. S pomocí Wiimote můžete snadno mířit kamkoliv na obrazovku a s Nunchuckem můžete přitahovat různé objekty k sobě, což se dá využít v boji i mimo něj.

Na rozdíl od minulých dílů se Corruption odehrává na několika planetách, mezi kterými se můžete pohybovat s pomocí Samusiny vesmírné lodi. Nakažení Phazonem dovoluje Samus používat Hypermód, který výměnou za část energie zvýší působené poškození a učiní Samus nezranitelnou. Pokud však Phazon není dostatečně odvětráván, může Samus zcela posednout, což povede ke konci hry.