Mega Man X se po vítězství nad vůdcem revolty Mavericků, Sigmou, stal velitelem jednotky Maverick Hunters. Během honby za zbývajícími Mavericky ale zjišťuje, že skupina tří Mavericků, říkající si X-Hunters, získala tělo jeho padlého partnera Zera, kterého plánuje ve jménu Sigmy oživit a použít v boji proti lidstvu. Xovým úkolem je tedy X-Hunters zastavit a zachránit Zera...

V druhém díle plošinovkové série Mega Man X se v hlavní roli opět vrací pokročilý robot Mega Man X, jehož úkolem je porazit osm zlých robotů zvaných Maverickové, po jejichž poražení se otevře cesta k finálnímu bossovi. Tentokrát jsou úrovně ještě doplněné bossfighty s X-Hunters, kteří se pohybují mezi úrovněmi a jejichž poražení je nutné pro odemknutí dobrého konce. Hratelností se až na nové zbraně a upgrady hra od prvního dílu téměř neliší. Úrovně jsou o něco pestřejší a komplexnější než minule a najdou se v nich rozptýlení typu jízdy na létající motorce.

Příběh Mega Mana X pokračuje třetím dílem, Mega Man X3.

Mega Man X se po vítězství nad vůdcem revolty Mavericků, Sigmou, stal velitelem jednotky Maverick Hunters. Během honby za zbývajícími Mavericky ale zjišťuje, že skupina tří Mavericků, říkající si X-Hunters, získala tělo jeho padlého partnera Zera, kterého plánuje ve jménu Sigmy oživit a použít v boji proti lidstvu. Xovým úkolem je tedy X-Hunters zastavit a zachránit Zera...

V druhém díle plošinovkové série Mega Man X se v hlavní roli opět vrací pokročilý robot Mega Man X, jehož úkolem je porazit osm zlých robotů zvaných Maverickové, po jejichž poražení se otevře cesta k finálnímu bossovi. Tentokrát jsou úrovně ještě doplněné bossfighty s X-Hunters, kteří se pohybují mezi úrovněmi a jejichž poražení je nutné pro odemknutí dobrého konce. Hratelností se až na nové zbraně a upgrady hra od prvního dílu téměř neliší. Úrovně jsou o něco pestřejší a komplexnější než minule a najdou se v nich rozptýlení typu jízdy na létající motorce.

Příběh Mega Mana X pokračuje třetím dílem, Mega Man X3.