Příběh se odehrává v post-apokalyptickém Japonsku a začátek hry je situován do Tokia ve čtvrti Akihabara. Tedy měla by to být tato čtvrť, ale z nějakého důvodu tu nestojí budovy, ale zbyly zde jen ruiny, a ulice jsou naprosto opuštěné. Z ničeho nic se před hráčovou postavou objeví obrovská a neznámá bytost, která protagonistu hry porazí v boji. Ten se záhy probudí a zjistí, že celý ostrov Japonska se vznáší ve vzduchu a je navíc ohrožen invazí démonů. Lidé se před nimi schovávají, někteří se s nimi snaží i bojovat a organizují se do skupiny zvané Self-Defense Forces. Hlavní postava hry se snaží zjistit, co se stalo a jestli s tím mají něco společného nově objevené artefakty zvané ooparts (out-of-place artifacts), které na Zemi zanechala nějaká neznámá civilizace.

Hráč si na začátku hry vybere jednu z pěti postav, kdy každá z nich má nějakou výhodu a nějakou slabinu. K dispozici je mapa, po které se hráč může pohybovat kurzorem a hledat tak zajímavá místa, která může navštívit. Průzkum je pak viděn pohledem z první osoby a boje jsou tahové a s náhodně se objevujícími se nepřáteli. Za vyhrané souboje hráč nezískává zkušenosti, ale energii, pomocí níž si může postava vylepšovat své statistiky, vytvářet předměty nebo vybavení. Postupně se k hráčově postavě mohou přidat další společníci, včetně démonů, pokud s nimi hráč v rámci rozhovoru jedná dobře.