Handheldová verze LEGO Star Wars: The Video Game se liší hned v několika aspektech oproti verze pro PC a konzole. Tím největším rozdílem je izometrická kamera během hraní, kde se navíc jednotlivé úrovně hry liší svou strukturou a designem, včetně odstranění možnosti hrát v jeden okamžik s druhou postavou. Další omezení se také projevilo v menším počtu celkově hratelných postav a v cutscénách, které jsou pouze prezentovány jako statické obrázky.

Výhodu nicméně získáli postavy využívající blastery, kteří mohou nabít svůj výstřel a zneškodnit s ním naráz několik nepřátel, nicméně oproti tomu Jediové mají sníženou schopnost odrážet blasterové výstřely.