Děj 358/2 Days začíná těsně před koncem prvního Kingdom Hearts a probíhá paralelně s Chain of Memories. Hlavní postavou se stává chlapec Roxas a hra sleduje jeho počínání jako třináctého člena Organizace XIII, antagonistů představených v Kingdom Hearts II. Roxas je zaučován jiným členem Organizace Axelem. Stávají se z nich dobří přátelé. Jenže Axel je vyslán na tajnou misi do Hradu Oblivion a Roxas dostává pod svá křídla čtrnáctý přírůstek do Organizace, dívku Xion. Ta má, stejně jako Roxas, jednu zvláštní schopnost. Dokáže používat legendární zbraň Keyblade.

Boje v 358/2 Days probíhají real time akčním hack and slash způsobem známým z některých předchůdců. V režimu singleplayeru ovládá hráč Roxase na jeho každodenních misích a je doprovázen některým ze členů Organizace ovládaným umělou inteligencí. Navštěvují Disney světy a plní v nich přidělené úkoly. Hra využívá novou mechaniku zvanou Panel System, která umožňuje vybavení kouzel, itemů a vybavení. Silnější kouzla zabírají více panelů a nutí tak k jejich uvážlivému použití. Hru je možné hrát s jinými hráči, a to kooperativně i kompetitivně. Postup se sdílí se singlplayerem, ale celou hru lze projít jen s pomocí AI.

Veškeré příběhové cut-scény ze hry jsou, v remasterované podobě, k dispozici jako součást Kingdom Hearts HD 1.5 Remix pro PS3 a PS4. Některé z nich jsou dokonce i nově namluvené. Společně tvoří téměř tři hodiny dlouhý film.