Hra navazuje na konec předchozího dílu Jak and Daxter: The Precursor Legacy. Hlavní hrdinové našli tajemný teleport. Při jeho aktivaci se do jejich světa dostali monstra zvaná Metal Heads. Během této invaze je teleport přenesl do Haven City, kde byl Jak zajat a vězněn jako pokusný králík. Po dvou letech mučení uniká a ocitá se uprostřed války mezi Metal Heads a Baronem Praxisem.

Druhý díl má oproti předchozímu temnější tón. Hra stále obsahuje sběratelské předměty, avšak v mnohem menším množství. Jedná se o open world inspirovaný sérií GTA, kde hráč plní mise pro postup hrou. Do hry nové přibyla možnost používat zbraně a vozidla. Kromě toho má Jak možnost dočasně se přeměnit do temné formy, která sice nemůže používat zbraně, ale má silnější útoky na blízko. Podle fanoušků se jedná o nejtěžší díl v sérii.