Příběh Jade Cocoon 2 se odehrává 100 let po událostech prvního dílu. Mladík jménem Kahu vzhlíží k tzv. "Cocoon Masters", legendám, které jsou dnes již trochu zapomenuty a dnes se nazývají "Beastmasters". Jednoduše, chce se stát jedním z nich a proto se vydá do chrámu Kamuel, kde se mu tenhle sen může splnit. Problémy na sebe však nenechají dlouho čekat a víla jménem Nico na našeho hrdinu uvalí kletbu, kvůli které jej čeká brzká smrt a nezbývá mu tak příliš mnoho času. Zde přichází na scénu hrdina z předešlého titulu Levant a jeho snaha zachránit Kahua a nejspíš i celý svět.

Hra je netradičním JRPG částečně připomínající třeba sérii Pokémon, jelikož hlavní náplní je objevovat a chytat různá monstra a následně je párovat a vytvářet tak nové a silnější jednotky, které lze využívat v soubojích. Hra je také velmi bohatá na cutscény, kterých je přítomno přibližně 200 a tvůrci se tak snažili vytvořit poněkud filmovější zážitek. To podporuje i fakt, že se na hře opět podílel i Katsuya Kondō ze studia Ghibli. Hra je také plně dabovaná a oproti předchůdci značně rozsáhlejší.

Digitální vydání pro PS3 bylo k dispozici pouze v domácím Japonsku.