Píše se rok 1908 a revoluce v parních motorech zásadně změnila svět. Místo modrého nebe je vidět pouze šedý oblak a moře dostalo načernalý odstín. Příběh hry se odehrává ve francouzském městě Marseille. Jeho univerzita produkuje největší technické odborníky současnosti. Jenže ve svých útrobách skrývá jedno velké tajemství. Pod kontrolou ji má "English West India Company", tajné společenství ovládající evropské podsvětí. Toho roku ale do akademie nastupuje nový student. Ostatním studentům se představí takto: „Nikola Tesla, 72 let. Moji mladí přátelé, prokleti osudem. Každého z vás spasím svýma vlastníma rukama.“

Vizuální novela Gahkthun of the Golden Lightning je součástí série -What a- (mimo jiné Sekien no Inganock -What a Beautiful People-, Shikkoku no Sharnoth -What a Beautiful Tomorrow-), ačkoli na ostatní díly nijak nenavazuje a obsahuje zcela samostatný příběh.