Pod klášterem Garegg Mach se rozkládají rozsáhlá sklepení, chodby a útočiště pro nejrůznější podvratné živly. Během pronásledování podezřelé osoby se hlavní hrdina s některými svěřenci dostává do samého středu improvizovaného podzemního sídliště, které si žije vlastním životem, a je konfrontován s místními obyvateli. Není ale sám, kdo se dobývá do tajuplného podzemí; a brzy je nucen čelit zlovolným silám a možná i vlastní dávné minulosti.

Dodatečný obsah ke hře Fire Emblem: Three Houses je dostupný ke stažení online a jeho jednotlivé bonusy vycházely postupně ve čtyřech vlnách během let 2019 a 2020. Rozšíření obsahuje vedlejší příběhovou linii s názvem Cindered Shadows s novými postavami a bitvami, nové skiny a oděvy pro postavy, předměty, renown, postavy k rekrutování, vedlejší úkoly, náhodné mapy, píseň a přístup do sklepení z hlavní hry včetně dalších NPC. Většina těchto bonusů je odemykána pro původní hru po odehrání vedlejší příběhové kampaně Cindered Shadows.