Na vzdušném ostrově Somniel, kde přebývá hlavní hrdina či hrdinka Alear společně se všemi spolubojovníky světa Elyos, se nachází starobylá studna. Skrze ni se Alear dostane vyvoláním do alternativního světa Elyos, kde se důležité historické události odehrály jinak. O nové dobrodružství se postarají dračí dvojčata v lidské podobě Nil a Nel, a čtveřice jejich kumpánů Four Winds, kteří tvrdí, že Fell Dragon Sombron a jejich původní Divine Dragon Alear kdysi padli oba v souboji proti sobě, ale nyní ve světě povstává neznámá síla, která chce Sombronovo ničivé dílo dokončit. Proto bylo nutné povolat bojovníka z dalšího světa a s jeho pomocí se pokusit zvrátit průběh války.

Dodatečný obsah ke hře Fire Emblem Engage je dostupný ke stažení online a jeho jednotlivé bonusy vycházely postupně ve čtyřech vlnách během roku 2023. Rozšíření obsahuje vedlejší příběhovou linii s názvem Fell Xenologue s novými vedlejšími postavami a místo Emblem Rings představuje nové Emblem Bracelets, které však v principu fungují stejně. Dále jsou k dispozici bonusové mapy, dvě nová povolání, nové skiny a oděvy pro postavy, předměty, bond fragmenty a zlaťáky. Většina těchto bonusů je odemykána pro původní hru po odehrání vedlejší příběhové kampaně Fell Xenologue, která je zpřístupněna v hlavní hře po dokončení kapitoly 5 na Somnielu.