Ex Vitro je dílem jediného vývojáře a jedná se o přiznanou poctu klasice Super Metroid. Hráči se zhostí osamělého bojovníka uvnitř pozůstatků vojenského průmyslného komplexu, zamořeném obrannými mechanismy i výsledky biologických experimentů. Hra se odehrává v neradostné budoucnosti, kdy byla rozpínavost lidské rasy napříč galaxií zastavena válkou s mimozemšťany, po níž zbytky lidstva bojují o přežití.

Podobně jako ve svém předobrazu i zde hráči prozkoumávají polootevřený sci-fi svět, získávají nové schopnosti a zbraně, díky nimiž se mohou dostat na jinak nepřístupná místa na mapě. Hra je rozdělena na osm odlišných biomů, s vlastními nepřáteli a překážkami, přičemž v průběhu hry hráči mohou také pátrat po deníkových zápiscích odkrývajících pozadí událostí vedoucí ke zhroucení komplexu.