Město Armoroad bývalo v dávných dobách tím nejvyspělejším místem proslaveným svým technologickým pokrokem. Tahle vyspělá civilizace ale byla zapomenuta když město postihlo ničivé zemětřesení a velká část města se potopila do oceánu. Nyní ale není úplně nedostupná, jelikož trosky města po sobě zanechaly vstup do svého nitra a to se stalo cílem mnohých dobrodružných výprav.

Již třetí díl série Etrian Odyssey se nově přesouvá do prostředí přímořského města Armoroad, které je centrem různých cechů a dobrodruhů, které láká potopená část města. Mezi takové lidi se řadíte i vy a mimo jiné činnosti si zde formujete svou partu, jejíž členové mohou nést některé z celkem dvanácti povolání. Novinkou pro sérii jsou ale sekundární povolání, což dává možnost vybavení zbraněmi určenými pro odlišné povolání. Jednotlivé zbraně lze také nově postupem hrou upravovat. Další změnou je i možnost dojít až ke třem různým koncům a dokonce si vyzkoušet multiplayer.

V základu ale hra nijak nevybočuje ze své původní hratelnosti a opět jde o krokovací dungeon, kde je možno zakreslovat si mapu na spodní displej konzole, což je doprovázeno novou sadou ikonek. Opět se hráč vydává se svou partou do několika pater dungeonu a má možnost vytvořit si až třicet různých bojovníků, přičemž do labyrintu lze vzít pouhou pětici a zbytek čeká ve městě.