Před několika lety byla démony zničena vesnice, z níž přežilo pouze malé děvče jménem Senia. Ujme se jí kněžka Magaleta a snaží se ji ochránit. Senia se postupem času učí zacházet s mečem a přeje si, aby mohla doprovázet Magaletu na jejích misích i přes jasný zákaz. Magaleta se z určitých důvodu vydá do takzvané Tower of Eternity, která dokáže splnit jedno přání za cenu, že dotyčný bude posedlý zlou silou na vždy. Seniu tak čeká těžká cesta za její záchranou a odhalením jejího tajemství.

Eternal Senia je hra vytvořená v programu RPG Maker, ale na rozdíl od většiny takových her neobsahuje tahové souboje. Jde tak o lineárnější akční RPG, které nabízí mimo obyčejné nepřátele i několik boss fightů, puzzly, mini hry a několik zakončení.