Když planeta Země najednou zmizí ze své pozice v Mléčné dráze, vyjde najevo, že ji Flurgoni z galaxie Tharkan vychýlili z oběžné dráhy, kde obíhala kolem Slunce miliardy let. Vesmírní válečníci přicházející ze vzdálených hlubin kosmu hodlají Zemi zneužít pro svoje dobyvatelské účely a vojenský výzkum. Právě vy se stáváte tím nejlepším pilotem, který je vybrán k tomu, aby planetu vrátil zpět na její původní oběžnou dráhu. Nejprve však musíte proniknout do nepřátelské pevnosti, kde jsou ukryty ovládací moduly skokového generátoru....

Escape from Tharkan je jednou z mnoha variací na starší Arkanoid, která obsahuje 64 levelů, v nichž se ukrývají zmíněné ovládací moduly. Kromě nich se pod konstrukcemi, které pro postup do další úrovně musí být kompletně zničeny, nachází klíče a power-upy pro vaši loď. Předěly mezi jednotlivými úrovněmi tvoří úzké chodby nebo bludiště, kterými se se svojí kosmickou lodí musíte prosmýkat. Tyto minihry jsou nahlížené pohledem z ptačí perspektivy.