Enigma Force je přímým pokračováním hry Shadowfire. Týmu Enigma se podařilo zajmout generála Zoffa. Naneštěstí generál už stihl vyhlásit válku říši a dochází ke konfliktům v galaxii. Hráč, ovládající pět členů týmu Enigma, překračuje hranici s říší ve své vesmírné lodi, když generál Zoff použije své psionické schopnosti, aby poškodil naváděcí systém lodi. Následkem toho se loď zřítí na planetu a generál uprchne...

Herní mechanismy jsou velmi podobné svému předchůdci Shadowfire. I zde má hráč k dispozici pět postav s rozdílnými schopnostmi a dovednostmi, které je třeba kombinovat k překonání hádanky a posunout se ve hře dál. Hra se odehrává v podzemním komplexu, kde se pohybují nepřátelští vojáci bránicí svého generála.

Rozhraní je také založeno na ikonkách, pomocí kterých se hra ovládá. Děj ve hře je možné vidět v horní polovině obrazovky. Joystickem či na klávesnici pak hráč pohybuje postavami a provádí akci. Samotné boje probíhají v reálném čase a je tak třeba se rychle rozhodovat.