Po Super Mario 64 se své 3D verze pro konzoli Nintendo 64 dočkal i další, neméně důležitý maskot Nintenda, opičák Donkey Kong. Vývoje se opět ujalo studio Rare, známé trilogií Donkey Kong Country ze SNES.

Krokodýlí Kremlingové a jejich vůdce král K. Rool se vrací a jejich cílem není nic menšího než zničit ostrov, na kterém DK a jeho přátelé žijí. To si DK samozřejmě nechce nechat líbit, ale aby mohl K. Roola porazit, bude potřebovat pomoc od svých přátel, které K. Rool unesl a nejprve je tak musí zachránit. Jsou jimi starý známý Donkeyho parťák Diddy Kong, který je tentokrát vybaven jetpackem, silák Chunky Kong, který dokáže zvedat těžké skály, malá Tiny Kong, která se dokáže protáhnout úzkými skulinami a dlouhán Lanky Kong, který dokáže plachtit vzduchem.

Na opičáky čeká osm 3D světů, kterými se musí proskákat, proplavat a prošplhat. K dohrání hry je potřeba využít schopností všech Kongů a podle potřeby mezi nimi přepínat. Cílem každého světa je nasbírat dostatek zlatých banánů, přičemž v každém světě čeká na každého opičáka pět úkolů, za které zlatý banán dostanou. Některé banány lze nalézt volně ve světě, ale část z nich je třeba získat v minihrách, jako je například jízda na důlním vozíku či střelba na terče. DK a jeho banda mohou dále sbírat banánové mince, za které si kupují nové předměty a schopnosti, barevné banány, které může sbírat jen konkrétní postava a další předměty.