Doctor Who: Lost in Time je členem žánru idle her - klikaček založených na postupném zvyšování in-game měny pomocí automatizace fungující v reálném čase - tentokrát s tematikou světa Pána času. Měnu zde tvoří energie časového víru, kterou sbíráte prostřednictvím několika stanovišť (lokace známé ze seriálu, např. laboratoř UNIT, město daleků, planeta Gallifrey...). Ta si postupně odemykáte za vyšší dosažené počty energie. Ke každému stanovišti lze postupem času získat dva Doktorovy společníky, kteří zvyšují z něj získávané množství energie. Stanoviště i společníky lze dále vylepšit použitím vylepšovacích kartiček a tzv. henoch hmoty, nadřazené in-game měny, kterou lze získat plněním úkolů. Nedostatek henoch hmoty jde napravit použitím třetí měny - kyfred drahokamů. Menší množství jich máte možnost získat zdarma, hlavně se však kupují za reálné peníze.

Plnění úkolů si zakládá na progresu ve hře (dosažený počet jednotek energie, vylepšená stanoviště a společníci...). Za každý splněný úkol je vám doručen balíček od společnosti Kerblam obsahující potřebné věci na vylepšování. Po otevření každého baličku pak následuje příběhová cutscéna. Příběh sleduje všechny inkarnace Doktora, uvězněné mezi stanovišti kvůli dočasné časové krizi supernabitými energií časového víru. Doktoři se snaží přijít na způsob, jak se ze situace dostat. Vše jim ale komplikují staří známí nepřátelé, kteří se na každém stanovišti nacházejí také. Hra má celkem 16 epizod a tvůrci postupně přidávají i dodatečná dobrodružství mimo hlavní mapu.