Cube Destroyer je minimalistická akční arkáda s top-down kamerou. Vaším úkolem je ovládat modrou kostku vybavenou kanónem a vyhýbat se střelám od nepřátelských červených kostek, které je nutno zlikvidovat. Kromě červených kostek můžete narazit i na další geometrické objekty červené barvy s různými schopnostmi snažící se vám postup jednotlivými úrovněmi co nejvíce ztížit. V úrovních se nachází i červené továrny produkující právě zmíněné červené kostky a je nutno je tedy také zničit pro zastavení přívalu dalších nepřátel

Hra celkově nabízí 75 úrovní, které se odehrávají v rozmanitých arénách lišících se svou strukturou a obtížností. V určitých částech se liší i svým rgafickým stylem.