V Bonsai se musíte starat o strom, nacházející se na malém levitujícím ostrůvku uprostřed ničeho, který si můžete vypěstovat dle vašich představ. Každý strom je naprosto unikátní, jelikož je procedurálně generovaný. Na vás je strom zalévat a stříhat, přičemž při stříhání máte naprostou volnost. Strom můžete useknout u kmenu nebo ho tvarovat do jakékoliv podoby, kterou chcete, aby měl.

Hra kromě achievementů nemá žádný cíl nebo úkoly a je pouze relaxační.