Planetární systém Ilis žije mírumilovným způsobem do doby, než jej naruší mimozemská rasa zvaná Dark Empire. Zatím co se místní obyvatelé snaží marně bránit svou domovinu, vznikne prototyp letounu D117B, který je jediný svého druhu a právě vy do něj nasednete a stanete se tak jedinou nadějí na přežití, když proniknete až do nepřátelské domoviny a máte šanci je zničit od základů.

Axelay je na první pohled typická shoot 'em up arkáda, která však nabízí jak side-scrolling pohled, tak i horizontální a během šesti úrovní se tak pohledy mění. Navíc není potřeba sbírat různé power-upy během akce, ale vylepšení přichází s tím, jak postupujete hrou. Druhý zbraní jsou celkem tři a lze je volně přepínat během hraní. Na konci každé z úrovní nich čeká boss fight a hráč má k dispozici vylepšení lodi dle svého výběru.

Hra vyniká i užitím grafického módu Mode 7.