Ve hře Avalon Code se svět blíží ke konci svého cyklu, ale hráč tentokrát nebude jeho zachráncem, nýbrž někým, kdo má za úkol zaznamenat zajímavé a důležité věci či události a také oskenovat obyvatele (ať už lidské či jiné) planety. A kdo bude toho hoden, ten se možná dočká života v další reinkarnaci světa. Hráč k tomuto skenování používá předmět Book of Prophecy a sken provádí tak, že touto knihou do daného objektu bouchne.

Book of Prophecy je umístěna na dolní obrazovce Nintenda DS, kde zobrazuje všechny podstatné údaje (ve hře zvané Codes) k danému oskenovanému objektu a vytváří tak katalog celého světa. Tyto kódy lze pak spojovat například s určitými předměty, kdy nemocného člověka může hráč spojit s léčivým předmětem a vyléčit ho. Nebo nepřátele oslabit tím, že jeho kód spojí s jedem. Podobně si hráč může vylepšovat zbraně, kdy jejich kód propojí s nějakým kovem.

Hráč prozkoumává svět viděným pohledem shora, mluví s jeho obyvateli a dostává od nich úkoly. Souboje jsou ve hře akční, kdy hlavní postava se svými nepřáteli bojuje na blízko pomocí mečů. Část hry tráví hráč v dugeonech, které se skládají z několika propojených místností, a hráč má často zadán nějaký úkol, který musí splnit, aby postoupil dál. Často je zde i časový limit a na základě rychlosti, s jakou hráč splní daný cíl, získává výsledné skóre a také se liší odměny.