Země Eden se rozpadá následkem mohutného zemětřesení a mnoho částí jednoduše zmizelo spolu s obyvateli. Zánik ale hrozí celému království a na záchrannou misi se dobrovolně přihlásili Viese a Felt, dva sirotci, kteří se rozhodnou zjistit, kam se části země poděly a co za touto katastrofou stojí. Felt pomocí meče Azure Azoth otevře bránu do světa Belkhyde, zatímco Viese zůstává řešit problémy v Edenu.

Sedmý díl série událostmi předchází minulý díl Eternal Mana (2005) a zůstává věrný zavedeným pravidlům Iris trilogie. Ve světě se tak opět vyskytují tvorové rasy Mana, kteří pomáhají obyvatelům využívat magii naplno. Novinkou jsou dva protagonisté, které hráč střídavě ovládá. Viese Blanchimont je začínající alchymistka a dokáže z nasbíraných surovin tvořit magické předměty, zatímco Felt Blanchimont nemá žádné magické schopnosti a soustředí se tak především na tahové souboje. Toto rozdělení na dva protagonisty hráče nutí koordinovat postup a pomocí kouzelného prstenu si posílat suroviny napříč světy, což je potřeba k řešení různých hádanek a postupu příběhem. Další lehkou změnou prošly i souboje, které nyní využívají tzv. Gauge ukazatel akce a času, kde čísla reprezentují zbývající možnosti použití skillů a pořadí, kdy je daná postava na tahu.

Závěrečný díl trilogie přišel o rok později s podtitulem Grand Phantasm. Na závěr Azoth of Destiny přímo navazuje mobilní spin-off Atelier Iris: Eternal Mana 2 After Episode, dostupný pouze v Japonsku na vybrané zařízení.