V Alchemist's Apprentice se ujmete role studenta vysoké školy Magických umění. Ten dostane od svého strýce Miltona, guvernéra několika provincií, naléhavý dopis. Strýc je na stopě legendárnímu Kámenu Mudrců a zanedbané provincie potřebují v jeho nepřítomnosti dohled. Tento úkol připadne hráči.

Alchemist's Apprentice je složen z padesátky klasických nenáročných spojtři levelů a několika miniher. Herní plocha o rozloze 9x9 polí se náhodně naplňuje barevnými kameny. Záměnou sousedních kamenů se musí tvořit trojice kamenů stejné barvy. Některé kameny obsahují mince, ty je potřeba sbírat. Po dosažení daného počtu mincí končí level. Za mince lze mezi úrovněmi stavět budovy, ty dodávají nabíjející se bonusy (fireball, časový bonus). Občas se kromě klasického lovení mincí objeví level, kde je potřeba i "vymlátit" podklad herní plochy.