Nárůst počtu protimutantských aktivit na ostrově Genosha donutí profesora Xaviera, aby ji se skenerem Cerbero prohledal. Na ostrově nalézá zloducha Apocalypseho, kterého vláda používá, aby zneškodnila mutanty. Xavier ho ale podezřívá z vlastních nekalých záměrů a proto posílá pět X-Menů, aby ho zastavili. Těmi vyvolenými jsou Wolverine, Cyclops, Psylocke, Beast a Gambit.

Hra je kombinací brawlerových pasáží ve stylu Final Fight, kdy na obrazovce musíte porazit všechny nepřátele pro postup dále, a plošinovkových pasáží, v nichž musíte přeskákat přes nebezpečné části. V každé úrovni budete používat jiného člena X-Men, ale někdy budete mít na výběr z vícero postav. Každá z postav má unikátní schopnosti – Cyclops může používat své laserové paprsky, Wolverine může svými drápy lézt po zdech a Beast zase po stropu, Psylocke doskočí nejvýše a Gambit má k dispozici své výbušné karty.