Po pádu šógunátu Tokugawa dochází v Zemi vycházejícího slunce k nebývalým změnám. Bouří se pak především samurajové, kdysi společenská elita, nyní přehlížená a opovrhovaná skupina obyvatel pohybující se na hranici zákona. Během velkého povstání nespokojených samurajů proti nové imperiální vládě putuje zemí osamělý rōnin Kenji a ve vesnici v průsmyku Rokkotsu se objeví právě ve chvíli, kdy zde probíhají urputné boje.

Příběh úvodní části série sleduje na základě historických reálií kroky mladého samuraje hledajícího si své místo ve společnosti. Hráči se mohou se svou postavou připojit k jedné ze znepřátelených frakcí, jež usilují o kontrolu nad průsmykem Rokkotsu. Kenji se může postavit na stranu rodinného klanu Kurou nebo frakce Akadama pod velením jejího vůdce Kitcho. Samuraj má ovšem možnost zůstat jako nezávislý pozorovatel mimo přímé události nebo i měnit svou věrnost různým stranám. V důsledku jeho rozhodnutí mohou hráči očekávat jedno z šesti možných zakončení hry.

Hratelnost je silně zaměřena na boj výhradně s různými typy samurajských mečů. Zpočátku je Kenji vybaven základní katanou a sadou útoků a blokování, porážením soupeřů získává další meče a odemyká speciální útoky specifické pro každou zbraň.

V roce 2003 byla v Japonsku vydána aktualizovaná verze Samurai Kanzenban, která obsahuje kromě mečů i další zbraně. Pokračování Way of the Samurai 2 vyšlo celosvětově v roce 2004.