Wario si drieme vo svojom hrade, keď ho zrazu okradne partička zlodejov, ktorá ho ešte aj vytopí a prenastaví jeho budík. Wario sa zobudí mrzutý a keď zistí, čo sa stalo, rozhodne sa vydať po stopách zlodejov, pomocníkov jeho úhlavného nepriateľa, Captaina Syrupa.

Wario Land II pripomína hrateľnosťou klasického Maria, no líši sa od neho v tom, že Wario nemá žiadne životy a nemôže zomrieť. Nepriateľské útoky ho ba odrazia a majú za následok stratu časti nazbieraných mincí. V leveloch nie je žiadny časový limit a je možné ich preskúmavať slobodne a bez obmedzení. Prekážky sa dajú zdolávať rôznymi spôsobmi - môžete sa nechať zapáliť, aby ste prerazili vybrané steny, alebo sa nakŕmite koláčmi s cieľom aktivovať plošiny. Wario sa vie dostať i do skrytých miestností a nachádzať tak alternatívne cesty, ktoré vedia vyústiť v rôzne konce.