Hlavní náplní Voxatronu je pohyb ve voxelovém světě a sestřelování hromady nepřátel, kteří se k vám blíží ze všech směrů. Na výběr máte buď hraní v jednotlivých arénách, nebo krátké příběhové dobrodružství, které vás arénami provede a zároveň přidá i nějaké plošinkové pasáže a občasnou lehkou hádanku. Ovládání je velice jednoduché, skládá se z pohybu, výskoku a střelby. V aréně se občas objeví nějaký powerup, jako silnější střílení nebo lékárnička. Svět je plně zničitelný a rozpadá se do malých kostiček, takže lze např. strategickým zničením sloupu se dostat k předmětu, který na něm původně nahoře ležel.

Hra je koncipována zároveň jako platforma pro spouštění dalších her udělaných v herním editoru. Při startu máte možnost vybrat si kazetu, ze které spustíte vybranou hru. Kromě kazet připravených přímo vývojářem si lze další kazety s jinými hrami stáhnout od komunitních tvůrců.