Mysteriózní adventura postavená na původním televizním seriálu. Agent Fox Mulder je na začátku hry vyslán do Las Vegas, aby zde vyřešil záhadný případ brutální vraždy vládního úředníka. Agentka Scullyová přitom zůstává na ústředí FBI a odtud Mulderovi poskytuje podporu za pomoci různých moderních vědeckých metod vyšetřování.

The Deserter je 2D adventura ovládaná přes systém příkazových ikon "look", "go to", "pick up" apod., s textovou částí ve spodní polovině obrazovky, která informuje o podrobnostech postupu v příběhu, vyšetřování i rozhovorech s dalšími osobami. Hádanky jsou založené na kombinaci položek inventáře a interakci s prostředím. Hra vám dává možnost ujmout se střídavě rolí obou agentů, přičemž Scullová provádí laboratorní výzkumy stop a důkazů, s Mulderem jste na místě činu a provádíte výslechy svědků.