The Nightshift Code je klasická "hidden object" hra, která mezi jednotlivými kapitolami kombinuje hledání objektů a řešení puzzlů. Na začátku každého hledání máte k dispozici bonusové body, které se s ubíhajícím časem postupně odečítají. Přicházíte o ně taky klikáním na nesprávná místa, což by mělo působit jako motivace ke skutečnému hledání předmětů, namísto zběsilého klikání po obrazovce. Samotný příběh je vyprávěn formou grafické novely před každým hledáním a puzzlem.

Hra je rozdělena na 6 kapitol s přibližně 5 úrovněmi v každé kapitole. Postupně prozkoumáte 18 odlišných lokací.