Děj hry navazuje na události, které se odehrály ve velkofilmu Propast Jamese Camerona. Ohrožená rasa mimozemské inteligence na Jupiterově měsíci Europa provádí proces teraformace, a přitom dojde k uvolnění viru, jehož účinky na jakoukoli formu života, včetně lidské, jsou fatální. K tomuto odhalení dojde v okamžiku, když podmořská základna Deepcore ztratí spojení s povrchem, a mise na dno propasti odhalí nejen poruchu zařízení, ale i přítomnost viru s mutagenními účinky. Prioritou týmu je nyní nalezení všech nutných složek a vyrobení protilátky.

Na samotném začátku dostává hráč na výběr mezi postavami Buda Brigmana nebo Lindsey Brigmanové, které známe i z filmu. Dál se hra nese ve znamení prozkoumávání podmořského bludiště a hledání tří složek pro zhotovení léku. Zde také dochází k častým setkáním s nepozemskými bytostmi, ale i lidmi, působením viru stiženými různými formami mutace. O ty zjevně nepřátelské je potřeba se postarat pomocí zbraně. Hráč při svém putování navštíví čtyři různé světy a prostředí: stanici Deepcore, bludiště podmořského zařízení v propasti, archu NTI, měsíc Europa a rozsáhlé jeskyně pod jeho povrchem.