Další díl ze série stealth akcí Tenchu.

Hrdina předchozích dílů Rikimaru při útěku ve snaze zachránit Ayame a princeznu Kiku spadl ze skály a byl prohlášen za nezvěstného, ale v zemi lorda Gohdy zavládl mír. Ayame dále hlídkuje na hranicích lorda Godhy a na svých cestách jednoho dne narazí na zničenou vesnici ninjů jménem Hagakure. Jeden z umírajících s posledním dechem vysloví slovo "Kuroya". Poté Ayame najde dívku Rin, která viní Ayame ze zkázy své vesnice. Po objasnění situace se Rin s Ayame usmíří a vydají se společně hledat skutečné viníky.

Tenchu: Fatal Shadows je stealth akce z pohledu třetí osoby. Obě hratelné kunoichi, Ayame a Rin, ovládají klasickou paletu ninja zbraní jako dýmovnice, shurikeny, jedovaté šipky atd. Liší se svými základními zbraněmi – Ayame má nože a Rin má meč. Musíte postupovat rychle a tiše a nepozorovaně likvidovat nepřátele. V případě, že někoho zlikvidujete bez toho, aby na vás zareagoval, vypadnou z něho svitky. Při dostatečném počtu svitků se vám zpřístupní některá ze speciálních schopností.

Od minulého dílu zde přibyla možnost odklízet mrtvoly. Tentokrát byl vynechán multiplayer. V jednotlivých úrovních není možnost uložit manuálně ani na checkpointech.