Teenage Mutant Ninja Turtles: Turtles in Time Re-Shelled je remakom pôvodnej arkádovej verzie hry (nové úrovne z portu SNES nie sú zahrnuté), využívajúci 3-D grafiku, novú hudbu a nové efekty. Až štyria hráči (jeden za každú korytnačku) môžu hrať jednotlivé úrovne v kooperácii, a to či už lokálne alebo online.

Po tom, ako ich ich nepriateľ Shredder prenikol do minulosti, sa korytnačky musia prebojovať cez vlny vojakov obývajúcich historické scény. Cieľom je poraziť každého, kto sa vám postaví do cesty a vrátiť domov ukradnuté dedičstvo mesta New York. Na útok sa používa iba jedno tlačidlo, ktoré spúšťa jedno kombo pre každú korytnačku. Špeciálne tlačidlo pohybu možno použiť aj v rámci útoku na viacerých nepriateľov. Každá korytnačka má svoju vlastnú charakteristickú zbraň a iný súbor silných a slabých stránok založených na štatistikách. Na konci každej úrovne vás čaká staronový boss.