Superhrdinové Superman a Batman se spojili, aby zastavili temné plány Darkseida a jeho přisluhovačů. Ve 2D plošinovce se postupně budete střídat ve hraní za Supermana, jehož mise spočívají v létání, vyhýbání se kryptonitovým laserům a likvidování nepřátel pomocí hrubé síly a laserového zraku, a Batmana, v jehož kůži budete po plošinkách skákat a používat batarangy a pěsti k likvidování nepřátel.

Hra nabízí celkově 15 kapitol, kdy každou kapitolu projdete s jedním ze dvou superhrdinů. Většina misí se skládá z překonání cesty ze startovního bodu do cílového nebo likvidace určitého počtu nepřátel. Během některých misí dojde i na bossfighty.