Submarine Commander je ponorkový simulátor, v němž se v roli kapitána jaderné ponorky budete ve 20 misích, odehrávajících se po celém světě zmítaném válkou, snažit plnit úkoly za pomocí hi-tech zbraní a technologického vybavení, jako je radar, sonar nebo periskop. Při postupu hrou budete bojovat s ostatními kapitány s různými třídami ponorek. Po splnění každé z misí dostanete ohodnocení závislé na tom, jak rychle jste misi dokončili a jak přesní jste byli ve střelbě torpédy. Samozřejmostí je vylepšování vaší ponorky v přístavech, kde si můžete kupovat lepší motory nebo třeba různé nové druhy torpéd. Portréty postav ve hře jsou laděny do anime stylizace.